La Sección de Apelación de la Jurisdicción Especial para la Paz, declaró como un crimen de guerra y de lesa humanidad la Masacre de San José de Apartadó registrada entre el 20 y el 21 de febrero de 2005 en que fueron asesinadas ocho personas, entre ellos cuatro menores de edad.
La masacre fue perpetrada por los paramilitares del Bloque Héroes de Tolová con ayuda de varios integrantes del Ejército. Los militares aseguraron que los autores habían sido las Farc, pero esta versión fue posteriormente desmentida.
Por considerar que se trató de un acto que violó sistemáticamente los derechos de la Comunidad de Paz y a la región, la JEP determinó que este caso se enmarca de un «crimen de guerra y de lesa humanidad».
Esta decisión se da tras resolver una petición de preclusión radicada por el teniente coronel Orlando Espinosa Beltrán, excomandante del Batallón de Infantería No. 47, condenado por los delitos de homicidio en persona protegida, actos de barbarie y concierto para delinquir agravado. Ante esto la Seccion de Apelacion reclasificó las conductas de:
«Homicidio en personal protegida y de concierto para delinquir agravado que se le imputan al señor Orlando Espinosa Beltrán con ocasión de la masacre contra integrantes de la comunidad de San José de Apartadó como crímenes de guerra y crímenes de lesa humanidad. En consecuencia, se declara su imprescriptibilidad».
Por estos hechos la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia condenó a los seis militares a 34 años de prisión. La investigación reveló que la Masacre se realizó con la planeación, participación y vigilancia de miembros de la Brigada XVII del Ejército colombiano. En orden de jerarquía, los responsables hasta el momento son: el coronel Orlando Espinosa Beltrán, el mayor José Fernando Castaño López, los sargentos Henry Agudelo Cuasmayán Ortega y Ángel María Padilla Petro; y los cabos Ricardo Bastidas Candia y Sabaraín Cruz Reina.
Con esta decisión este caso ya no prescribe ante la justicia como era la intención del Coronel Orlando Espinosa Beltrán.